用于薄层层析分离的聚酰胺基团有两类：锦纶66(尼龙)和锦纶6，这两类材料中都含有大量的酰胺基团，故统称为聚酰胺。聚酰胺以其-CO-或-NH-与极性化合物的-OH或=O之间形成氢键，从而发生吸附作用。不同物质与聚酰胺之间形成氢键的能力不同。在聚酰胺薄膜上做层析分离时，流动相从薄膜表面流过，被分离物质在溶剂和薄膜之间按分配系数的大小发生不同速率的吸附与解吸过程，从而使混合物得到有序的分离。聚酰胺薄层层析分离常与离心机分离技术结合使用。

    二、影响迁移率的主要因素：

    1、成键基团数目越多，吸附力越大。

    2、成键基团的位置影响氢键数目和强度。

    3、芳香环和共双键越多，成键越强。

    4、被分离物质分子内氢键的形成可以削弱它与聚酰胺之间氢键的形成。

    5、溶剂的影响。

    三、聚酰胺薄层层析分离特点：

    1、对极性化合物有特异的分辨能力。

    2、灵敏度高。

    3、操作方便，速度快。

    4、样点不扩散。

    5、有荧光的物质可用紫外灯检出，不必喷显色剂显色。

    四、聚酰胺薄层层析分离应用：

    可分离多种化合物，在蛋白质或肽的N末端残基分析中是比较理想的分离方法。